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谷歌開發(fā)出的深度學(xué)習(xí)算法模型 可用于預(yù)測(cè)DNA鏈等亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的變化

2018/01/11 14:04      鎂客網(wǎng) Lynn


  眼睛是心靈的窗口,但從去年開始,谷歌的研究團(tuán)隊(duì)就利用機(jī)器學(xué)習(xí)將眼睛轉(zhuǎn)化為檢查人體健康的“窗口”,他們通過算法分析人體的高精度3D視網(wǎng)膜照片發(fā)現(xiàn),圖像里面包含的信息可以用來(lái)判斷出一個(gè)人的血壓、年齡和吸煙狀況。

  近日,研究團(tuán)隊(duì)又獲得了新的進(jìn)展,利用算法分析其亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)(如線粒體、染色體、DNA鏈等)的變化后,發(fā)現(xiàn)了通過分析“眼睛”,我們可以判斷一個(gè)人是否有患心臟病的風(fēng)險(xiǎn)。

  不同于以往,這里的研究成果不斷,背后的首要功臣是谷歌研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)的3D細(xì)胞結(jié)構(gòu)模型的算法。繼Alpha Go之后,谷歌研究團(tuán)隊(duì)又一“黑科技”秒殺人類。

  其實(shí)揭開它的神秘面紗,其核心就是圖像處理算法。

  圖像處理是如何應(yīng)用到生物學(xué)領(lǐng)域的?

  在生物學(xué)研究領(lǐng)域,細(xì)胞生物學(xué)的研究核心點(diǎn)就是:結(jié)構(gòu)決定功能。其中,蛋白質(zhì)學(xué)中就有理論明確提出,細(xì)胞的狀態(tài)由細(xì)胞內(nèi)結(jié)構(gòu)的位置以及細(xì)胞周期的改變來(lái)確定。

  在這一背景下,研究學(xué)者自然就想到從3D顯微鏡圖像切入研究細(xì)胞結(jié)構(gòu),希冀借由圖像處理來(lái)進(jìn)行生物學(xué)的研究。而隨著科技的發(fā)展,深度學(xué)習(xí)成為圖像處理領(lǐng)域的最佳利器,故而許多研究人員開發(fā)出了算法,以用于處理活細(xì)胞等微生物熒光圖像:

  如當(dāng)科學(xué)家希望利用深度學(xué)習(xí)來(lái)分析基因組中的基因突變,他們先將DNA鏈中的堿基轉(zhuǎn)換為計(jì)算機(jī)可以識(shí)別的圖像,然后將已知的DNA突變片段信息與基因組信息一起用于訓(xùn)練神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng),隨后用機(jī)器學(xué)習(xí)進(jìn)行預(yù)測(cè)和數(shù)據(jù)分析。

  但是谷歌研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),這一過程本身存在著一項(xiàng)技術(shù)缺陷:因?yàn)楝F(xiàn)有算法模型處理2D圖像,所以在利用其對(duì)生物圖像進(jìn)行處理之前,每一次都首先需要對(duì)3D圖像進(jìn)行處理,以將其轉(zhuǎn)換為現(xiàn)有圖像處理算法能夠處理的照片。

  可見,想將深度學(xué)習(xí)用于生物學(xué)研究領(lǐng)域,“磨刀”的功夫就需要花費(fèi)很久,將每一項(xiàng)研究的3D圖像轉(zhuǎn)化為2D圖像極大得降低了研究效率、限制了圖像處理算法在生物醫(yī)學(xué)研究上的應(yīng)用。

  谷歌團(tuán)隊(duì)讓生物學(xué)圖像處理更輕松,研究成果不斷

  為了解決圖像維度轉(zhuǎn)換過程帶來(lái)的應(yīng)用局限性,谷歌研究團(tuán)隊(duì)基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)提出了一種條件生成模型,他們可以直接利用3D顯微鏡圖像對(duì)模型算法進(jìn)行訓(xùn)練,以用于學(xué)習(xí)細(xì)胞和細(xì)胞核形態(tài)的變化,并利用訓(xùn)練后的模型分析預(yù)測(cè)亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的位置。

  上個(gè)月,谷歌就基于該模型發(fā)布了一款名為DeepVariant的工具,人們可以用它來(lái)識(shí)別DNA序列中的細(xì)微變化。

  但不止于此,谷歌研究團(tuán)隊(duì)還整合了條件生成模型和傳統(tǒng)的算法處理方法,提出了一種不需要參數(shù)的3D細(xì)胞結(jié)構(gòu)模型的算法,它可以直接處理高精度的三維生物器官圖像。

  此外,這種新算法還可以將細(xì)胞內(nèi)部結(jié)構(gòu)的變化和細(xì)胞的變化結(jié)合在一起,以用于研究相關(guān)疾病的變化。在最新的報(bào)告中,研究團(tuán)隊(duì)給出了初步的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,即其在心臟病預(yù)測(cè)上的應(yīng)用。

  圖像處理算法因此更強(qiáng)大

  對(duì)于該算法,谷歌研究院工程總監(jiān)Philip Nelson介紹說:“之前,將機(jī)器學(xué)習(xí)應(yīng)用于很多生物學(xué)領(lǐng)域是不切實(shí)際的。現(xiàn)在,我們可以做到了。但更讓人激動(dòng)的是,如今機(jī)器能發(fā)現(xiàn)之前人類可能無(wú)法看到的東西。”

  值得指出的是,谷歌開發(fā)的這種方法本質(zhì)上就是一種通用的圖像處理算法,不僅可以用于通常的圖像識(shí)別,還可以用于生物學(xué)領(lǐng)域高精度三維圖像的分析和相關(guān)細(xì)胞變化的預(yù)測(cè)。

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